The Big Bang Theory

In den USA läuft ne neue Sitcom namens The Big Bang Theory über zwei Nerds, die verdammt interessant aussieht. Nachdem ich mir den Trailer angesehen hab, schwimm ich gegen den Strom und finde die Idee toll.

Gleich in der ersten Folge ist auch schon ne perfekte Definition von Astrologie:
Nachbarin: "I'm a Sagittarius, which probably tells you way more than you need to know."
Nerd: "Yes, it tells us that you participate in the mass-cultural delusion that the sun's apparent position relative to arbitrarily defined constellations at the time of your birth somehow affects your personality."

Ich hoffe doch sehr, dass wir in Deutschland auch was von der Serie zu sehen bekommen!

freier Zugang zu wissenschaftlichen Veröffentlichungen

Unter dem Namen Open Access macht sich eine interessante Bewegung im Vorgarten der etablierten Verlage breit. Das neue daran: Alle veröffentlichten Paper sind kostenlos für jeden Interessierten zugänglich. Das steht dann im Gegensatz zu Preisen, die in die Tausende von Dollar gehen - für einen einzigen Journal und ein Jahr Abo. Oder natürlich so um die 30 $ pro einzelnes Paper. Sowas kann sich eine Privatperson natürlich nicht leisten, und für Bibliotheken wird das ganze auch sehr teuer (rechnet einfach mal hoch, was eine Unibibliothek jährlich für ca. 100 Journals zahlt). Die Open Access-Verlage machen das ganze natürlich nicht umsonst, sie verlangen einfach Geld von den Autoren für das Veröffentlichen der Paper. Der Trick an der Sache ist halt, dass die Autoren mit beiden Modellen zahlen müssen. Ob vor dem Veröffentlichen oder danach (das Abo) ist dann egal. Mit Open Access haben alle anderen aber den Vorteil, die Paper auch lesen zu können. Die Vorteile eines solchen Modells liegen klar auf der Hand. Ich muss da eigentlich gar nicht erst mit besserem Zugang zu wissenschaftlichen Ergebnissen anfangen. Es sollte nämlich schon immer so sein: Die Ergebnisse, die veröffentlicht werden, wurden überwiegend vom Staat, also aus Steuergeldern finanziert. Die Bürger zahlen also im Prinzip doppelt wenn sie Einblick in die von ihnen finanzierte Wissenschaft wollen.
Ich kann darum nur allen empfehlen, Open Access zu unterstützen. Z.B. durch Lesen von Open Access Journals wie die der Public Library of Science (PLoS) oder die von BioMedCentral.

Jetzt komme ich zum eigentlichen Anlass für diesen Post: Die alteingessesenen Verlage merken, dass die Konkurrenz das bessere Modell bietet, wollen aber natürlich nichts von ihrem Kuchen abgeben. Deshalb haben sie die Organisation PRISM (Partnership for Research Integrity in Science & Medicine) gegründet, um uns über die Gefahren von Open Access "aufzuklären". Die wissenschaftliche Blogwelt hat darüber ausführlich berichtet, z.B. Alex Palazzo von The Daily Transcript. Von seinem Blog hab ich nun auch den Link zu nem Artikel in New Scientist, der den Berater von PRISM nennt: Ein gewisser Eric Dezenhall, der in das Enron-Debakel involviert war. Ein Strategiepapier von ihm ist bei New Scientist zu lesen (PDF), und die darin vorgeschlagenen Methoden, wie z.B. Open Access mit Zensur durch den Staat und schlechter Qualität in Verbindung zu bringen, kann man auf der Webseite von PRISM schön nachlesen.

Ich glaube nicht, dass Open Access noch aufzuhalten ist. Das zeigt sich schon daran, dass auch große Journals wie PNAS oder Nucleic Acids Research zumindest Teile ihrer Paper frei veröffentlichen. Darum ist PRISM auch eher fürs Auslachen als für Sorgen gut. Das Strategiepapier zeigt aber etwas auf, mit dem die meisten Wissenschaftler nichts anfangen können, weil es total gegen den Kern ihrer Arbeit geht: Wenn es um die öffentliche Meinung geht, ist Wahrheit total unwichtig.

Neues Template und Logo

Wie jeder mittlerweile gemerkt haben dürfte, hab ich das Template gewechselt. Das alte war mir einfach zu schmal, das hat sogar YouTube-Videos abgeschnitten! Das ist jetzt endlich vorbei.
Außerdem hab ich endlich ein Logo erstellt, das jetzt den Anfang der Seite schmückt. Was haltet ihr davon?

Sonst gibt es hier nichts zu sehen, gehen sie weiter!

Hoch-Königsburg und Affenpark

Am Sonntag haben wir nen Ausflug ins Elsass gemacht, zur Hoch-Königsburg bei Kintzheim:

Größere Kartenansicht


Bilder dazu hab ich schon hochgeladen:

Hoch-Königsburg

Und danach haben wir dann noch den Affenpark Montagne des Singes unterhalb der Burg besucht. Dort laufen über 100 Berberaffen frei rum, und lassen sich mit Popcorn füttern! Natürlich gibts davon auch ne Menge Bilder.

Affenpark La Montagne des Singes

kleiner Affe, großer Affe...

personalized genetics

Watson und Venter haben es vorgemacht, und in den nächsten Jahren wird es auch für Normalsterbliche möglich werden: Die Sequenzierung des eigenen Genoms. Mit den rasant fallenden Kosten und der immer größeren Geschwindigkeit bei der DNA-Sequenzierung haben viele schon in ein paar Jahren das 1000 $-Genom anvisiert - sequenziert möglichst in nur Wochen, verglichen mit dem global Unterfangen des Humangenomprojekts, das mehrere Jahre in Anspruch nahm und Milliarden von Dollar kostete.
Warum sollte man aber überhaupt sein eigenes Genom sequenzieren lassen? Das menschliche Genom wurde doch schon sequenziert, wir haben also alles was wir brauchen, oder? Leider nicht. Spätestens die Veröffentlichung von Craig Venters Genom hat gezeigt, dass die individuellen Unterschiede sehr viel größer als bisher angenommen sind. Das Humangenomprojekt hat aber einen großen Stein ins Rollen gebracht: personalisierte Medizin. Wenn Medikamente auf den Markt kommen, die bei bestimmten Bevölkerungsgruppen besser wirken als bei anderen, oder die bei einer Person die erwartete Wirkung erzielen, bei der nächsten Person aber nicht wirken, oder noch schlimmer sogar negative Auswirkungen haben, dann ist das oft auf genetische Unterschiede zwischen Individuen zurückzuführen. Es wird also irgendwann unausweichlich sein, vor dem Einsatz mancher Medikamente zunächst die entscheidenden Gene zu sequenzieren. Eine einfachere Möglichkeit ist hier, nicht die komplette Sequenz zu bestimmen, sondern nur den Zustand von variablen Positionen in den Genen, die sog. SNPs (sprich snips).

Genau das hat die Firma 23andMe vor: Je nach Umfang der Genotypisierung zahlt man zwischen 300 und 600 $, schickt eine DNA-Probe ein, und erhält seine Daten über einen sicheren Webserver. Die Genotypisierung wird von Illumina mit Microarrays (SNP chips) gemacht, die bis zu eine Million SNPs parallel bestimmen können. Interessanterweise besteht auch eine Partnerschaft von 23andMe mit Google, das nicht nur Geld beisteuert. 23andMe wurde von Anne Wojcicki, der Frau von Google-Gründer Sergey Brin, mitgegründet.
Bevor 23andMe sich an medizinische Anwendungen wagt wollen sie zunächst noch etwas anderes versuchen: Ahnenforschung mit molekularen Mitteln, ähnlich wie das Genographic Project von National Geographic.


Ein Webcast von der Ankündigung der Zusammenarbeit von 23andMe und Illumina gibt es hier, und Blaine Bettinger vom Blog The Genetic Genealogist hat über das Thema auch schon viel geschrieben.

Plumps!

Das ist das Geräusch, das der Stein beim Auftreffen auf den Boden gemacht hat (der, der mir vom Herz gefallen ist). Die Diplomarbeit ist fertig geschrieben. Morgen stehen noch ein paar kleine Verbesserungen an, und dann wird gedruckt, gebunden, und abgegeben. Mann, ist das ne Erleichterung! Und der endgültige Titel steht auch fest:

Etablierung und Anwendung molekulargenetischer Methoden zur Charakterisierung von RecQ-Helikasen und ihren Interaktionspartnern in Arabidopsis thaliana.

Was für ein Brocken! ;-) Und zur Feier des Tages nochmal ein Post von Genomicron:

Guide to Translating Scientific
Papers Into Plain English

Statement	Really means
It has long been known...	I haven't bothered to look up the reference.
It is thought that...	I think so.
It is generally thought that...	A couple of other guys think so, too.
It is not unreasonable to assume...	If you believe this, you'll believe anything.
Of great theoretical importance...	I find it interesting.
Of great practical importance...	I can get some good mileage out of it.
Typical results are shown.	The best results are shown.
Three samples were chosen for further study.	The others didn't make sense, so we ignored them.
The second sample was not used.	I dropped it on the floor.
Results obtained using the second sample must be interpreted with caution.	I dropped it on the floor, but managed to scoop most of it up.
Correct within an order of magnitude.	Incorrect.
Much additional work will be required.	This paper isn't very good, but neither is anyone else's.
These investigations provided highly rewarding results.	My grant will be renewed.
This research was supported by a grant from...	Can you believe they pay me to do this?
A line of best fit was generated using least-squares regression.	I drew it by hand.
A non-linear relationship was found...	I drew it by hand and I didn't use a ruler.
Stringent controls were implemented...	My advisor was watching.
I thank X for assistance with the experiments and Y for useful discussions on the interpretation of the data.	X did the experiment and Y explained it to me.

http://genomicron.blogspot.com/2007/09/guide-to-translating-scientific-papers.html

Wie schreibe ich einen schlechten Wissenschaftsartikel?

Auf Genomicron hat T. Ryan Gregory einen lesenswerten Post veröffentlicht: Wenn ich eine Pressemeldung über ein wissenschaftliches Paper schreiben will, was muss ich alles machen, dass sie so richtig schlecht wird? (Also wie kann ich so schreiben wie die Mehrheit der Wissenschaftsjournalisten?) Superwitzig, trifft aber genau den Punkt. Ansehen!