"Mit Gott gegen Darwin" - mal wieder alles falsch gemacht

Gestern abend lief auf Phoenix eine Reportage mit dem Titel "Mit Gott gegen Darwin", direkt nach der Doku "Jesus Camp" und vor "Satan lebt". Ein religionskritischer Abend also, sollte man meinen. "Mit Gott gegen Darwin" hat leider so ziemlich jeden Fehler wiederholt, der den Medien schon seit Jahren bei der Präsentation von Wissenschaft gegen Kreationismus und Pseudowissenschaft vorgeworfen wird.
In typisch deutscher Neutralität ließ man die beiden Seiten für sich sprechen, ohne das Gesagte in einen Bezug zu setzen. Das hatte zur Folge, dass z.B. zig Kreationisten die alte Leier von "Evolution ist nur eine Theorie, also nicht bewiesen" anstimmen konnten. Selbst wenn die Journalisten den Sachverhalt nicht selbst darstellen wollten, dann hätte doch wenigstens ein Wissenschaftler (und es hätte irgendein Wissenschaftler sein können) zu Wort kommen sollen, der die Bedeutung des Wortes Theorie im wissenschaftlichen Sprachgebrauch erklärt. Theorien sind in der Wissenschaft nämlich keineswegs irgendwelche Einfälle, die einfach so in den Raum geworfen werden (die umgangssprachliche Bedeutung von Theorie), sondern Erklärungen für natürliche Phänomene, die von einer enorm großen Menge von Daten gestützt werden. Theorien sind in der Wissenschaft die sicherste Erklärung für ein Phänomen; der Begriff Fakt wird dagegen ungern verwendet, wiel in der Wissenschaft zumindest im Prinzip alles widerlegbar ist. Doch diese Richtigstellung erfolgte nicht, der falsche Eindruck blieb leider bestehen.
Auffällig war auch die unausgewogene Präsentation des Materials. Wissenschaftler, oder allgemein Personen pro Evolution, kamen nur sehr selten zu Wort. Der einzige interviewte Wissenschaftler war zudem Kenneth Miller, der als Autor von "Finding Darwin's God: A Scientist's Search for Common Ground Between God and Evolution" nicht gerade der ideale Gegenpart zu den religiösen Fanatikern darstellt.
Die zwanghafte Gegenüberstellung von zwei Positionen zieht sich leider wie ein roter Faden durch die gesamte Sendung. So wurde zwar über das (damals laufende) Dover-Gerichtsverfahren berichtet (das mittlerweile, nach der Produktion der Reportage, mit einem eindeutigen Sieg des Evolutionsunterrichts beendet ist), sofort musste dann aber über ein weiteres Gerichtsverfahren berichtet werden: Das berühmte Scopes-Verfahren in Dayton, Tennessee, in dem der Lehrer John Thomas Scopes 1925 (!) für das Unterrichten der Evolution im Biologieunterricht verurteilt wurde.
Nach all diesen Kritikpunkten bleibt von der Reportage leider nicht mehr viel Substanz übrig. Der traurige Rest ist dafür dann aber umso erschreckender. Er zeigt die Kinder, die in fundamentalistisch-christlichen Schulen, oder sogar zuhause von den Eltern, "unterrichtet" werden. Grundlage für alle Fächer ist die Bibel, die wörtlich ausgelegt wird. Die Erde ist demnach wenige tausend Jahre alt, Menschen und Dinosaurier lebten gemeinsam (die Dinos starben aus, weil für sie kein Platz mehr auf der Arche war und sie ertrinken mussten), alle Tiere wurde an einem Tag erschaffen - da ist kein Platz für die Evolution, und für andere Wissenschaften auch nicht. So sieht man gleich zu Beginn der Reportage die Kreationisten-Version des Chemie- und Biologieunterrichts. Da wird dann die Landoltsche Zeitreaktion als Gottesbeweis gezeigt. Und zur Veranschaulichung der Energiegewinnung auf zellulärer Ebene nimmt man einfach ein Geldstück und einen Gasbrenner: Haben wir doch ein Glück, dass uns Gott erschaffen hat, sonst würden unsere Zellen ständig rotglühend in Flammen stehen! Bei solchermaßen "gebildeten" Kindern sehe ich sehr schwarz für den Wissenschaftsstandort USA...

O.O.T.S.S.O.E.R.A.A.A.P.

Darüber wollte ich schon ne ganze Zeit lang schreiben - ich bin stolzes Mitglied im Order Of The Science Scouts Of Exemplary Repute And Above Average Physique.
(Mitglied kann aber jeder werden, der gewisse Voraussetzungen erfüllt:

Members are:

- not opposed to alcohol.

- fond of IPCC reports (especially the pictures).

- mostly in agreement with the “truth.”

- into badges.

- grieving for the slow and miserable death of the Hubble Space Telescope.

- possibly possessed of supernatural powers.

- not in the business of total world domination

- committed to the constant and diligent presentation of science stories, be it to editors, producers, directors, educators, relatives and/or friends of various ilk, in an effort to lessen the gap that is this thing we call public scientific literacy.

)

Meine Auszeichnungen bisher sind:

The “talking science” badge.
Required for all members. Assumes the recipient conducts himself/herself in such a manner as to talk science whenever he/she gets the chance. Not easily fazed by looks of disinterest from friends or the act of “zoning out” by well intentioned loved ones.

Selbst die Kollegen kriegen die neusten Wissenschafts-News zu hören!

The “I blog about science” badge.
In which the recipient maintains a blog where at least a quarter of the material is about science. Suffice to say, this does not include scientology.

Naja, ihr lest es ja gerade...

The “I’m pretty confident around an open flame” badge.
Recipients have demonstrated proficiency around open flames in laboratory settings.

Wie jeder Biologe ging ich durch die Hölle, die da heißt "Praktikum Anorganische Chemie für Biologen" (und damit meine ich nicht die vielen ununterbrochen laufenden Bunsenbrenner).

The “destroyer of quackery” badge.
In which the recipient never ever backs down from an argument that pits sound science over quackery.

Wer sich mit Kreationisten verbal prügelt, hat Anspruch auf diese Auszeichnung!

The “sexing up science” badge.
In which the recipient has had experience with things such as selective breeding, crossing, mate selection, prokaryotic conjugation, fertility studies, STD related microbiology, and/or any other acceptable interpretation of the badge.

Ohja, erzwungene Kreuzungen zuhauf! Und mit Arabidopsis ist es noch ne Stufe gemeiner, weil die sich normalerweise durch Selbstung vermehrt, von mir aber zu Sex mit ihren Geschwistern gezwungen wird.

The “I can be a prick when it comes to science” badge.
In which the recipient can be so passionate about things of a scientific nature, that he/she may appear surly, rude, and/or unpleasant.

Wartet einfach darauf, es wird unweigerlich auch hier passieren (oder ist es schon?!?)!

The “will glady kick sexual harasser’s ass” badge.
(And we mean “ass” in the most holistic of ways). In which the recipient stands up to such miscreants in the work place. Places of science should know better.

Keine Frage, auch wenn das bei uns wahrscheinlich nicht vorkommen wird.

The “has frozen stuff just to see what happens” badge (LEVEL I)
In which the recipient has frozen something in the freezer for the sake of scientific curiosity.
The “has frozen stuff just to see what happens” badge (LEVEL II)
In which the recipient has frozen something in dry ice for the sake of scientific curiosity.
The “has frozen stuff just to see what happens” badge (LEVEL III)
In which the recipient has frozen something in liquid nitrogen for the sake of scientific curiosity.

Ich will da aber nichts hören von wegen Spielkind!

The “I work with way too much radioactivity, and yet still no discernable superpowers yet” badge.
…Although not for lack of trying…

Ich will ja gar nicht Superman werden, in unserem Gebäude würde mir schon die Kraft reichen, Aufzüge zu steuern...(Hattip: Playing for Keeps von Mur Lafferty)

The “dodger of monkey shit” badge.
One of our self explanatory badges.

The “inordinately fond of invertebrate” badge.
In which the recipient professes an arguably unhealthy affinity for things of this category.

Der Großmeister ist hier zwar PZ Myers von Pharyngula, aber auch ich hab ein Herz für wirbellose Tiere mit tentakelbesetzen Armen.

The “I’m a scientist who is fundamentally opposed to administrative duties” badge.
Presumably a badge with a consensus even stronger than that seen in the global warming arena.

Die Einstellung zählt! (wehren kann man sich ja eh nicht.)

The “cloner” badge.
In which the recipient has cloned something or other. Rules to a drinking game concerning this badge will be forthcoming.

Ohja. Oft und viel. Zig Organismen, zig Systeme. Unter anderem ein "unklonierbares" Gen erfolgreich kloniert. Hier fehlen mir verschiedene Level wie sie für das Spielen mit Eis angeboten werden (siehe oben), das muss ich unbedingt noch vorschlagen.

The “somewhat confused as to what scientific field I actually belong to” badge
Also known as the transdiscplinary, interdiscplinary, or intradisciplinary badge.

Nicht ich bin verwirrt, dafür aber die meisten anderen umso mehr. Wenn die Botanik hören, halten die mich erst mal für nen Gärtner. Ein Molekularbiologe kann aber nicht unbedingt Gartentipps geben, und hat auch nicht zwangsläufig den grünen Daumen...

The “statistical linear regression” badge.
We figured that if you actually know what those three words together mean, then you deserve a badge. Statistics rock!

Ohne die Statistik bräuchte ich gar nicht erst anfangen, Daten zu sammeln.

The “works with acids” badge.
In which the recipient has worked with acids.

The “has done science whilst under the influence” badge.
This can apply to both achieving moments of intellectual clarity or actual performance of an experiment whilst under the influence. It presumes talking about science under the influence a given.

Kann aber jeder vorweisen, der schonmal nach der Instituts-Weihnachtsfeier (vormittags) versucht hat, ernsthaft zu arbeiten.

The “I may look like a scientist, but I’m actually also a pirate” badge.
Drinks rum. Into pillaging and stuff. Soft spot for evolutionary biology.

Arrr, ye scurvy Dog! Ich denke, mindestens einmal jährlich die ersten beiden Teile von Monkey Island zu spielen ist Beweis genug.

The “what I do for science dictates my having to wash my hands before I use the toilet” badge.
Another badge that is more common than you would think.

Ohja, besonders wenn man davor gerade mit Mutagenen hantiert hat...

Das wars dann erst mal, weitere folgen, sobald mir gute Ausreden eingefallen sind, warum ich sie verdiene.

Erkennung von Doppelstrangbrüchen

In meinem Forschungsgebiet, DNA-Reparatur und -Rekombination, ist gerade etwas sehr seltenes passiert, eine wissenschaftliche Sonnenfinsternis sozusagen: Unabhängig voneinander haben vier Gruppen in drei Journals im Grunde über das gleiche berichtet: Das Protein RNF8 und seine Funktion.

Dazu möchte ich erst einmal ein wenig Hintergrund liefern. Schäden an der DNA treten sehr oft auf, es gibt aber für die verschiedenen Arten von Schäden spezialisierte Reparaturmechanismen, die eine sehr effiziente Reparatur durchführen können. Eine wichtige Grundlage für die Genauigkeit dieser Reparatur ist der Bau der DNA in zwei komplementären Strängen. Liegt also ein Schaden in einem Strang vor, dann kann die beschädigte Stelle und ein kleiner Bereich darum entfernt werden. Mit Hilfe des komplementären Strangs ist das Schließen der Lücke dann nicht mehr schwer.
Ein großes Problem für die Reparatur stellen jedoch DNA-Doppelstrangbrüche (DSBs) dar. Anders als bei anderen DNA-Schäden kann der gegenüberliegende Strang hier nämlich nicht zur Reparatur verwendet werden! Früh in der Evolution entstanden darum zwei Mechanismen, um diese schweren Schäden trotzdem reparieren zu können, die nicht-homologe Endverknüpfung (non-homologous end-joining, NHEJ) und die homologe Rekombination (HR).
NHEJ ist in der Konzeption relativ einfach: Da in der Regel wenige DSBs in einem Zellkern vorkommen, nimmt man einfach die zwei freien DNA-Enden und verbindet sie wieder. Bei diesem Prozess kommt es aber in der Regel zu Mutationen, entweder weil Teile der DNA an den Bruchstellen verloren gehen, oder (schlimmer), weil die falschen Enden verknüpft werden (beim Vorliegen von mehreren DSBs). Trotzdem ist die NHEJ z.B. beim Menschen, aber auch bei vielen anderen Organismen, die Methode der Wahl. Sie ist relativ einfach durchzuführen, und die Mutationen betreffen mit sehr großer Wahrscheinlichkeit sowieso nichtkodierende Bereiche (die beim Menschen weit über 90% des Genoms ausmachen).
Der zweite Mechanismus, HR, ist sehr viel genauer. Dabei nutzt die Zelle z.B. den Umstand, dass unser Genom diploid im Kern vorliegt. Das heißt, dass jedes Chromosom doppelt vorliegt (je eins von der Mutter, eins vom Vater). Da diese homologen Chromosomen auf der Sequenzebene so gut wie identisch sind, kann die Sequenzinformation des homologen Chromosoms als Matrize zur Reparatur des gebrochenen Chromosoms dienen. Dazu werden kurzzeitig Strukturen gebildet, in denen einzelne Stränge aus den homologen Chromosomen gepaart sind (eine dieser Strukturen ist X-förmig und wird nach ihrem Erstbeschreiber als Holliday Junction bezeichnet, daher auch der Name dieses Blogs!). Im Vergleich mit NHEJ ist die HR genauer, sie ist aber auch sehr viel aufwändiger (und präsenentiert die Zelle mit Folgeproblemen, auf die ich nicht weiter eingehen will).

Nachdem ich jetzt relativ knapp (doch, das ist keine Übertreibung) beschrieben habe, wie DSBs repariert werden können, nähere ich mich endlich mit großen Schritten dem Aspekt, den die Autoren mit RNF8 untersucht haben: Bevor irgendeine Reparatur eingeleitet werden kann, muss erst einmal ein DSB von der Zelle erkannt werden, und die erforderlichen Reparaturproteine müssen an diese Position geholt werden. Dabei ist schon länger bekannt, dass es eine auffällige Veränderung im Chromatin (=DNA und damit assoziierte Proteine) gibt: Die Histon H2A-Variante H2AX wird durch Anhängen einer Phosphatgruppe modifiziert. (Die Phosphorylierung von Proteinen ist ein wichtiger Bestandteil vieler Signalwege in der Zelle.) Das phosphorylierte H2AX (genannt γ-H2AX) ist mikroskopisch in Foci an DSBs zu beobachten und wirkt als Signal für weitere Reparaturproteine wie BRCA1 (involviert in Brustkrebs) und 53BP1. Doch wie diese Proteine ihr Ziel finden war bisher nicht genau bekannt. Man wusste zwar, dass sie sich nach der Bildung eines DSB in den γ-H2AX-Foci befinden, aber eben nicht, was sie dort hält. γ-H2AX alleine reicht aber nicht aus. Hier kommt jetzt RNF8 ins Spiel. Es konnte nämlich gezeigt werden, dass es über ein weiteres Protein, MDC1, an γ-H2AX binden kann. Nach der Bindung modifiziert es dann die Histone H2AX und H2A (und möglicherweise weitere) - aber nicht durch Anhängen einer Phosphatgruppe, sondern durch das Anhängen eines kleinen Proteins namens Ubiquitin. Erst diese ubiquitinierte Histone werden dann von den folgenden Reparaturproteinen erkannt.
Noch ein Wort zu Ubiquitin: Darüber ist schon länger bekannt, dass es eine wichtige Rolle in der Regulation des Abbaus von Proteinen spielt. Es existieren Proteine, die spezifisch Ubiquitine auf Zielproteine übertragen, und eine lange Kette von aneinander hängenden Ubiquitinen erzeugen. Dies ist ein Signal, das so markierte Protein abzubauen. Für die DNA-Reparatur zeichnet sich nun aber ab, dass Ubiquitin eine weitere Funktion besitzt. Die Modifikation von Proteinen mit einem oder zwei Ubiquitinen dient hier als Signal, wie es z.B. für Phosphorylierungen schon bekannt ist! Es wird interessant sein zu beobachten, ob Ubiquitin außerhalb des Proteinabbaus generell eine wichtige Rolle besitzt, oder ob dies auf die DNA-Reparatur beschränkt bleibt.

Hier beende ich das ganze erstmal. Da ich vorhabe, in Zukunft öfter mal über Artikel aus meinem Gebiet zu schreiben, werden sich eventuell noch offene Lücken im Verständnis mit der Zeit sicher (hoffentlich) schließen. Für Posts über Fachartikel werde ich ab sofort auch das Icon von BPR3 (Bloggers for Peer-Reviewed Research Reporting) setzen, dass allen gleich klar wird, dass ein substanzieller Post folgt.

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Mailand et al. (2007): RNF8 Ubiquitylates Histones at DNA Double-Strand Breaks and Promotes Assembly of Repair Proteins. Cell 131:887-900.
Huen et al. (2007): RNF8 Transduces the DNA-Damage Signal via Histone Ubiquitylation and Checkpoint Protein Assembly. Cell 131:901-914.
Wang and Elledge (2007): Ubc13/Rnf8 ubiquitin ligases control foci formation of the Rap80/Abraxas/Brca1/Brcc36 complex in response to DNA damage. PNAS ePub ahead of print.
Kolas et al. (2007): Orchestration of the DNA-Damage Response by the RNF8 Ubiquitin Ligase. Science 318(5856):1637-1640.

The Algorithm March

ich bin nicht fähig, dazu einen Kommentar abzugeben...


Und dazu dann erst recht nicht...

Ein nicht ganz so schönes Bild...

Das hat man davon, einen Podcast zu loben...Ein Redakteur vom Science Podcast hat ebenfalls diese Woche etwas so Dummes gesagt, der kann eigentlich keine biologische Bildung haben.

"...plankton is a kind of algae..."

Weder sind alle Algen Plankton, noch ist Plankton auf Algen beschränkt! Plankton sind schlicht alle Organismen, die nicht von selbst gegen die Strömung anschwimmen können. Und das reicht von Viren und Bakterien im Kleinen bis hin zu metergroßen Quallen. Um das zu wissen muss man nicht mal Meeresbiologe sein. Über Wissenschaftsjournalisten und Redakteure schweige ich mich jetzt lieber aus...

Stammzellen

Eigentlich hatte ich ja vor, ausführlicher über das Thema zu berichten, aber diese Woche war nix mit Zeit...deshalb will ich nur auch hier berichten, dass es letzte Woche Neuigkeiten im Gebiet der Stammzellenforschung gab.
Einerseits ist es endlich möglich, embryonale Stammzellen von Primaten herzustellen (die Übertragung der Methode auf den Menschen wird nicht mehr lange dauern), und andererseits haben letzte Woche zwei Gruppen unabhängig voneinander Bindegewebszellen (Fibroblasten) zu Stammzellen "umprogrammieren" können. Diese IPS (induced pluripotent stem) Zellen zeigen ein Verhalten ähnlich dem von embryonalen Stammzellen, sind aber aus einer moralfreien Quelle gewonnen. Anders als uns das Leute wie Bush und die Frau Schavan erzählen wollen, ist der Erfolg mit den IPS Zellen keineswegs eine direkte Folge ihrer Behinderung der Forschung an embryonalen Stammzellen. Die Autoren der Artikel betonen selbst, dass sie ohne die grundlegenden Erkenntnisse, die an embryonalen Stammzellen gewonnen wurden, selbst nicht hätten arbeiten können. Mehr Infos hat Alex Palazzo von The Daily Transcript hier und hier, inklusive Links zu den Papern (der Artikel auf Cell ist Open Access!).

Ein schönes Bild

Gerade eben im Nature Podcast gehört:

"...filaments, waving in the Brownian Breeze..."

Hin und wieder schaffen es eben auch Wissenschaftler, ein Bild zu schaffen das mich berührt.

Interessante Muränen

Nachdem vor ein paar Wochen gezeigt wurde, dass die Aliens aus den gleichnamigen Filmen wohl nahe Verwandte der Muränen sind, hab ich jetzt noch was Neues über diese Fische erfahren.
Das mit den Aliens bezieht sich auf zumindest eine Art, die Atlantische Netzmuräne (Muraena retifera), die mit einem zweiten Kiefersatz, der im Rachen sitzt, ein Problem der Muränen interessant gelöst hat. Wenn man nämlich als Fisch unter Wasser etwas fressen will, ohne es festhalten zu können, dann schwebt das Futter einfach weg. Viele Fische haben das Problem gelöst, indem sie einfach eine große Menge Wasser, und nebenbei auch das Futter, einsaugen. Das ist bei Muränen aber nicht wirklich sinnvoll, weil die in ihren Felsritzen einfach nicht genug Platz zum Aufplustern haben. Die Atlantische Netzmuräne umgeht dieses Dilemma, indem sie ihre Beute erst mit dem ersten Kiefer fängt, dann mit dem zweiten Kiefer zugreift, den ersten löst und die Beute ein Stück in den Rachen zieht. Das wiederholt sich dann so lange, bis die Beute verschlungen ist. Clever. Spiegel Online hat nen Artikel darüber, und zeigt auch ein kleines Video mit dem zweiten Kiefer in Aktion. Die Wissenschaft dahinter wurde im September in Nature veröffentlicht; der Artikel selbst ist zwar nicht frei zugänglich, die Supplemental Materials mit 3 Videos aber schon!

Durch Zufall habe ich aber noch etwas anderes über Muränen gelernt. Geistermuränen (Rhinomuraena quaesita) können während ihres Lebens zunächst männlich, und anschließend weiblich sein. Die jungen Männchen besitzen eine blaue Grundfarbe, und werden, sobald sie eine kritische Länge erreicht haben, leuchtend Gelb. Und nebenbei auch weiblich.

Sequenzierung des Humangenoms für 500 €

Die Sequenzierung von Klonierungsarbeiten etc. lassen wir von der Firma GATC erledigen. Als ich heute morgen einen neuen Auftrag rausschicken wollte, hab ich auf deren Seite eine interessante Meldung gelesen:
Nicht nur, um das Wissen über das menschliche Genom zu vergrößern, sondern auch mit Blick auf den zu erwartenden Wissensbedarf für eine personalisierte Medizin, möchte GATC bis 2010 das Genom von bis zu 100 Individuen sequenzieren. Und wir sprechen hier nicht von SNP-Kartierung oder ähnlichem, eine richtige Sequenzierung á la Watson und Venter.
Der Hammer kommt aber erst noch: Aufgrund der stetig fallenden Kosten für die Sequenzierung hat GATC das Ziel, innerhalb von 10 Jahren den Preis für die Sequenzierung eines menschlichen Genoms auf 500 € runter zu bekommen. Und nebenbei natürlich auch die Dauer der Sequenzierung erheblich zu verkürzen. Whoa. Das Human-Genom-Projekt dauert zum Vergleich 12 Jahre, setzte die internationale Kooperation von vielen Laboren voraus, und kostete rund 3 Milliarden $.
Mit dem Vorhaben kann sich GATC problemlos in die Riege der Firmen für das 1000-$-Genom einreihen (sie wollen die alle ja sogar noch um die Hälfte unterbieten!), und ist auch ein hoffnungsvoller Kandidat für den X-Price zur Genomsequenzierung!
GATC hat auch schon eine Seite mit FAQs online, die mehr in die Details geht als die Pressemeldung.

ein wissenschaftliches Poster verfassen

Bitesize Bio hat einen Post mit 10 Tips zum Verfassen von wissenschaftlichen Postern. Nick hat total recht, besonders mit seinem Kommentar zur Verwendung von Comic Sans als Schriftart ;-)

Am meisten haben mir aber zwei Links weitergeholfen: Auf posterpresentations.com gibt es kostenlose Vorlagen für Powerpoint (hoffentlich sehen in Zukunft aber nicht alle Poster so aus!), und auf eposters.net kann jeder eigene Poster als PDFs hochladen. Das nennt sich dann The Online Journal Of Scientific Posters!

Ein Bild sagt mehr als tausend Worte...

...aber die Bildunterschrift haut manchmal noch mehr rein.


[via BoingBoing]

Jetzt wirds hochgeistig

Wissenschaftler der Keio Universität in Japan haben es geschafft, ein Hirn-Computer-Interface zu entwickeln, für das man keine Elektroden ins Gehirn setzen muss. Das ist jetzt erst mal nichts besonderes, das können auch andere Gruppen. Die sind aber nicht so clever, gleich noch ein Programm dazu zu schreiben, mit dessen Hilfe dann die Probanden Avatare in Second Life steuern können! Und ein Video gibts auf YouTube gleich mit dazu (wenn auch nicht wirklich aussagekräftig...)

(Dieser Post wurde ermöglicht durch meine fast schon krankhafte Sucht nach Cyberpunk - Neuromancer, Shadowrun, ich hab alles gelesen! ;-))

The Big Bang Theory

In den USA läuft ne neue Sitcom namens The Big Bang Theory über zwei Nerds, die verdammt interessant aussieht. Nachdem ich mir den Trailer angesehen hab, schwimm ich gegen den Strom und finde die Idee toll.

Gleich in der ersten Folge ist auch schon ne perfekte Definition von Astrologie:
Nachbarin: "I'm a Sagittarius, which probably tells you way more than you need to know."
Nerd: "Yes, it tells us that you participate in the mass-cultural delusion that the sun's apparent position relative to arbitrarily defined constellations at the time of your birth somehow affects your personality."

Ich hoffe doch sehr, dass wir in Deutschland auch was von der Serie zu sehen bekommen!

freier Zugang zu wissenschaftlichen Veröffentlichungen

Unter dem Namen Open Access macht sich eine interessante Bewegung im Vorgarten der etablierten Verlage breit. Das neue daran: Alle veröffentlichten Paper sind kostenlos für jeden Interessierten zugänglich. Das steht dann im Gegensatz zu Preisen, die in die Tausende von Dollar gehen - für einen einzigen Journal und ein Jahr Abo. Oder natürlich so um die 30 $ pro einzelnes Paper. Sowas kann sich eine Privatperson natürlich nicht leisten, und für Bibliotheken wird das ganze auch sehr teuer (rechnet einfach mal hoch, was eine Unibibliothek jährlich für ca. 100 Journals zahlt). Die Open Access-Verlage machen das ganze natürlich nicht umsonst, sie verlangen einfach Geld von den Autoren für das Veröffentlichen der Paper. Der Trick an der Sache ist halt, dass die Autoren mit beiden Modellen zahlen müssen. Ob vor dem Veröffentlichen oder danach (das Abo) ist dann egal. Mit Open Access haben alle anderen aber den Vorteil, die Paper auch lesen zu können. Die Vorteile eines solchen Modells liegen klar auf der Hand. Ich muss da eigentlich gar nicht erst mit besserem Zugang zu wissenschaftlichen Ergebnissen anfangen. Es sollte nämlich schon immer so sein: Die Ergebnisse, die veröffentlicht werden, wurden überwiegend vom Staat, also aus Steuergeldern finanziert. Die Bürger zahlen also im Prinzip doppelt wenn sie Einblick in die von ihnen finanzierte Wissenschaft wollen.
Ich kann darum nur allen empfehlen, Open Access zu unterstützen. Z.B. durch Lesen von Open Access Journals wie die der Public Library of Science (PLoS) oder die von BioMedCentral.

Jetzt komme ich zum eigentlichen Anlass für diesen Post: Die alteingessesenen Verlage merken, dass die Konkurrenz das bessere Modell bietet, wollen aber natürlich nichts von ihrem Kuchen abgeben. Deshalb haben sie die Organisation PRISM (Partnership for Research Integrity in Science & Medicine) gegründet, um uns über die Gefahren von Open Access "aufzuklären". Die wissenschaftliche Blogwelt hat darüber ausführlich berichtet, z.B. Alex Palazzo von The Daily Transcript. Von seinem Blog hab ich nun auch den Link zu nem Artikel in New Scientist, der den Berater von PRISM nennt: Ein gewisser Eric Dezenhall, der in das Enron-Debakel involviert war. Ein Strategiepapier von ihm ist bei New Scientist zu lesen (PDF), und die darin vorgeschlagenen Methoden, wie z.B. Open Access mit Zensur durch den Staat und schlechter Qualität in Verbindung zu bringen, kann man auf der Webseite von PRISM schön nachlesen.

Ich glaube nicht, dass Open Access noch aufzuhalten ist. Das zeigt sich schon daran, dass auch große Journals wie PNAS oder Nucleic Acids Research zumindest Teile ihrer Paper frei veröffentlichen. Darum ist PRISM auch eher fürs Auslachen als für Sorgen gut. Das Strategiepapier zeigt aber etwas auf, mit dem die meisten Wissenschaftler nichts anfangen können, weil es total gegen den Kern ihrer Arbeit geht: Wenn es um die öffentliche Meinung geht, ist Wahrheit total unwichtig.

Neues Template und Logo

Wie jeder mittlerweile gemerkt haben dürfte, hab ich das Template gewechselt. Das alte war mir einfach zu schmal, das hat sogar YouTube-Videos abgeschnitten! Das ist jetzt endlich vorbei.
Außerdem hab ich endlich ein Logo erstellt, das jetzt den Anfang der Seite schmückt. Was haltet ihr davon?

Sonst gibt es hier nichts zu sehen, gehen sie weiter!

Hoch-Königsburg und Affenpark

Am Sonntag haben wir nen Ausflug ins Elsass gemacht, zur Hoch-Königsburg bei Kintzheim:

Größere Kartenansicht


Bilder dazu hab ich schon hochgeladen:

Hoch-Königsburg

Und danach haben wir dann noch den Affenpark Montagne des Singes unterhalb der Burg besucht. Dort laufen über 100 Berberaffen frei rum, und lassen sich mit Popcorn füttern! Natürlich gibts davon auch ne Menge Bilder.

Affenpark La Montagne des Singes

kleiner Affe, großer Affe...

personalized genetics

Watson und Venter haben es vorgemacht, und in den nächsten Jahren wird es auch für Normalsterbliche möglich werden: Die Sequenzierung des eigenen Genoms. Mit den rasant fallenden Kosten und der immer größeren Geschwindigkeit bei der DNA-Sequenzierung haben viele schon in ein paar Jahren das 1000 $-Genom anvisiert - sequenziert möglichst in nur Wochen, verglichen mit dem global Unterfangen des Humangenomprojekts, das mehrere Jahre in Anspruch nahm und Milliarden von Dollar kostete.
Warum sollte man aber überhaupt sein eigenes Genom sequenzieren lassen? Das menschliche Genom wurde doch schon sequenziert, wir haben also alles was wir brauchen, oder? Leider nicht. Spätestens die Veröffentlichung von Craig Venters Genom hat gezeigt, dass die individuellen Unterschiede sehr viel größer als bisher angenommen sind. Das Humangenomprojekt hat aber einen großen Stein ins Rollen gebracht: personalisierte Medizin. Wenn Medikamente auf den Markt kommen, die bei bestimmten Bevölkerungsgruppen besser wirken als bei anderen, oder die bei einer Person die erwartete Wirkung erzielen, bei der nächsten Person aber nicht wirken, oder noch schlimmer sogar negative Auswirkungen haben, dann ist das oft auf genetische Unterschiede zwischen Individuen zurückzuführen. Es wird also irgendwann unausweichlich sein, vor dem Einsatz mancher Medikamente zunächst die entscheidenden Gene zu sequenzieren. Eine einfachere Möglichkeit ist hier, nicht die komplette Sequenz zu bestimmen, sondern nur den Zustand von variablen Positionen in den Genen, die sog. SNPs (sprich snips).

Genau das hat die Firma 23andMe vor: Je nach Umfang der Genotypisierung zahlt man zwischen 300 und 600 $, schickt eine DNA-Probe ein, und erhält seine Daten über einen sicheren Webserver. Die Genotypisierung wird von Illumina mit Microarrays (SNP chips) gemacht, die bis zu eine Million SNPs parallel bestimmen können. Interessanterweise besteht auch eine Partnerschaft von 23andMe mit Google, das nicht nur Geld beisteuert. 23andMe wurde von Anne Wojcicki, der Frau von Google-Gründer Sergey Brin, mitgegründet.
Bevor 23andMe sich an medizinische Anwendungen wagt wollen sie zunächst noch etwas anderes versuchen: Ahnenforschung mit molekularen Mitteln, ähnlich wie das Genographic Project von National Geographic.


Ein Webcast von der Ankündigung der Zusammenarbeit von 23andMe und Illumina gibt es hier, und Blaine Bettinger vom Blog The Genetic Genealogist hat über das Thema auch schon viel geschrieben.

Plumps!

Das ist das Geräusch, das der Stein beim Auftreffen auf den Boden gemacht hat (der, der mir vom Herz gefallen ist). Die Diplomarbeit ist fertig geschrieben. Morgen stehen noch ein paar kleine Verbesserungen an, und dann wird gedruckt, gebunden, und abgegeben. Mann, ist das ne Erleichterung! Und der endgültige Titel steht auch fest:

Etablierung und Anwendung molekulargenetischer Methoden zur Charakterisierung von RecQ-Helikasen und ihren Interaktionspartnern in Arabidopsis thaliana.

Was für ein Brocken! ;-) Und zur Feier des Tages nochmal ein Post von Genomicron:

Guide to Translating Scientific
Papers Into Plain English

Statement	Really means
It has long been known...	I haven't bothered to look up the reference.
It is thought that...	I think so.
It is generally thought that...	A couple of other guys think so, too.
It is not unreasonable to assume...	If you believe this, you'll believe anything.
Of great theoretical importance...	I find it interesting.
Of great practical importance...	I can get some good mileage out of it.
Typical results are shown.	The best results are shown.
Three samples were chosen for further study.	The others didn't make sense, so we ignored them.
The second sample was not used.	I dropped it on the floor.
Results obtained using the second sample must be interpreted with caution.	I dropped it on the floor, but managed to scoop most of it up.
Correct within an order of magnitude.	Incorrect.
Much additional work will be required.	This paper isn't very good, but neither is anyone else's.
These investigations provided highly rewarding results.	My grant will be renewed.
This research was supported by a grant from...	Can you believe they pay me to do this?
A line of best fit was generated using least-squares regression.	I drew it by hand.
A non-linear relationship was found...	I drew it by hand and I didn't use a ruler.
Stringent controls were implemented...	My advisor was watching.
I thank X for assistance with the experiments and Y for useful discussions on the interpretation of the data.	X did the experiment and Y explained it to me.

http://genomicron.blogspot.com/2007/09/guide-to-translating-scientific-papers.html

Wie schreibe ich einen schlechten Wissenschaftsartikel?

Auf Genomicron hat T. Ryan Gregory einen lesenswerten Post veröffentlicht: Wenn ich eine Pressemeldung über ein wissenschaftliches Paper schreiben will, was muss ich alles machen, dass sie so richtig schlecht wird? (Also wie kann ich so schreiben wie die Mehrheit der Wissenschaftsjournalisten?) Superwitzig, trifft aber genau den Punkt. Ansehen!

Was ist DNA?